因層流系統并無消毒滅菌之功效，層流手術室其“無菌”環境主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內維持“正壓”狀態來維持的。因此，層流手術室環境的管理必須強調以下方面。
嚴格人流、物流管理：①嚴格控制人員進出。②嚴格著裝管理要求。③保持手術室“相對密閉狀態”，保證室間空氣的潔凈度。④嚴格分離潔污流線，以保證層流手術室空氣的潔凈度及流程的需要。劃分無菌、急診和感染手術間。
控制手術間空氣的溫度：適宜的溫度不僅使病人舒適，更有利于傷口的愈合。室內溫度控制在22～25℃，濕度控制在50%～60%較為合適，不僅滿足人體舒適度且又不利于室內微生物的生存。
強化衛生清潔管理：潔凈手術部的一切清潔工作必須采用濕式打掃，在凈化空調系統運行中進行，手術間無影燈、手術床、器械車、壁柜表面及地面應在每天手術前后用清水、消毒液各擦拭1次。每周進行徹底清掃1次，每月再進行衛生大掃1次，使用的清潔工具不宜用掉纖維的織物材料制作。對空氣灰塵粒子數、噪音、溫濕度進行檢測1次，并將結果上報備案。
減少各種污染的機會：各項術前準備工作在打開無菌包前進行。嚴禁在手術室間折疊各種布類敷料。
