層流凈化術在很大程度減少了空氣感染的機會，但層流凈化術并非萬能，也存在許多局限性，層流凈化手術室造價的巨大費用及后期的保養，也使得許多醫院望而卻步，現將層流凈化術的不足列舉如下。
1.層流凈化對醫護人員的健康影響
層流凈化手術室雖然使潔凈無菌的，但手術室的設計過于封閉，空氣不流通，不是一個良好的工作環境。且在手術過程中會使用到各種儀器設備，含有大量的輻射，嚴重的危害了醫護人員的身體健康，甚至導致不育或癌癥。
2.層流凈化手術室的費用龐大
層流凈化作為一項先進技術，造價高昂，使用雖然便捷，但術后要進行徹底的清除，且層流的保養方法過于頻繁，價格較高，U膠地板每天需要進行濕地清洗，發現地板有血液、體液殘留必須重新清新。層流凈化手術室的防菌墻壁每天需要用干凈的毛巾擦拭2～3遍，層流凈化系統耗電量巨大，定期需要進行層流系統功能的檢測，即空氣的潔凈程度指標和每月細菌培養。需要以來大量的人力物力財力來維持。
3. 層流凈化術管理要求苛刻
層流凈化術的運用管理要求苛刻，在室內需要醫護人員共同遵循層流的操作流程，維護層流凈化創造的無菌環境，限制了工作人員的行動。層流凈化系統可以有效的控制細菌及微生物顆粒，但它本身并沒有殺菌消毒作用，也不能控制其他的感染途徑。即一旦破壞了層流凈化手術室的恒定無菌環境，層流凈化術不起任何作用，會產生新的接觸式感染。例，醫護人員或病人消毒的不徹底，手術器械及設備消毒不徹底，會導致層流系統紊亂，引發手術區局部環境受到污染。以手術室無影燈為例，現代手術無影燈的光照強度通常都達到100000lux以上，超大的功率和熱量嚴重干擾了層流凈化空氣的流向。
綜上所述，任何技術都有利弊之分，運用的機率取決于是利大于弊或弊大于利。顯然，層流凈化術在手術室的使用更趨向優勢，它保證了手術室的凈化效果，規范了醫護人員的護理操作及工作流程，滿足了手術室空氣環境的要求，很大程度上提高了護理工作的效率及質量。
